1、作为软件得到重点保护的依据
国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
2、进行软件著作权登记是进行双软认证及高新企业认证的前提。
3、申请人可享受《产业政策》所规定的有关鼓励政策
财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》中对软件产品的税收优惠有详细的规定。该通知并不要求强制登记，但是规定：“对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。”
4、作为技术出资入股
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。现在有的地方更规定软件可以作价100%以技术出资的规定。不过一般都要求软件著作权应当取得登记。
5、作为申请科技成果的依据
科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明。”这里的登记可以理解为著作权的登记，其他部委也有类似规定，以软件申请技术成果应当递交软件登记证书。
6、享有软件著作权证明作用。软件由一系列的代码组成，称为源代码，其可以无限制的复制。软件著作权所保护的是源代码。一般认为谁持有源代码，谁既是著作权人，由于源代码的可复制性，不象复制纸质材料那样，可以区分原始与复制件，假使源代码保密不严，就很难区分著作权人。如果尽早进行著作权登记，取得《软件著作权登记证书》，这就是初步的权利证明。在发生软件著作权争议时，是主张软件权利的有力武器，而要证明《软件著作权登 记证书》并非真正软件著作权人，在举证上具有相当难度。在进行软件著作权贸易时，《软件著作权登记证书》有利于交易的顺利完成。